本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为

10岁的女生安娜与妈妈闹矛盾后离家出走，却被邪恶的修卡组织盯上。混乱的逃跑途中，她无意间登上了时间列车电王号，又与桃塔罗斯一起掉落到了过去。为了拯救帮助她的朋友——蜜瓜，安娜与桃塔罗斯联手，变身成了电

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有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？

"时王，退幕之日；零一，诞生之日。绝对不可以交汇！2019年，世界已经被人工智能修码吉亚统治，身处不同世界的假面骑士零一和假面骑士时王奇迹般地相遇了。虽然他们都是为了拯救世界，但二人最终是会携手战斗还是相互为敌？父亲的梦想、儿子的梦想……当各自的想法发生碰撞之时，未来究竟会怎样…！？"

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身份各异的众人，莫名被集中在了同一个地方。正当大家互相攀谈时，神秘的面具男命令众人参加游戏，失败的人会接受惩罚。可惩罚，竟然是死亡……

"灭亡迅雷站的成员——亡正式登场了！本作揭晓了诸多谜团，亡的神秘身份，千骑系统的诞生过程，不破谏大脑中的芯片从何而来……为了打造千骑系统，天津垓指使亡去给灭亡迅雷站送密钥，与灭的接触以及天津垓对待属下的恶劣态度，让亡动摇不已。千骑诞生后，功不可破的亡却并没有得到好下场……"

"灭亡迅雷站的成员——亡正式登场了！本作揭晓了诸多谜团，亡的神秘身份，千骑系统的诞生过程，不破谏大脑中的芯片从何而来……为了打造千骑系统，天津垓指使亡去给灭亡迅雷站送密钥，与灭的接触以及天津垓对待属下的恶劣态度，让亡动摇不已。千骑诞生后，功不可破的亡却并没有得到好下场……"

遥远的古代，曾经被人们称作"恶魔"的三剑侠（アクマイザー）：撒旦、伊尔与盖拉经过数千年的沉睡，终于开始幽幽醒来。凭借着来自人类精神世界Under World的魔力相助，被历代假面骑士消灭的怪人们相继复活，协助三剑侠实现自太古时代便图谋称霸大地的野心。三剑侠的邪恶计划即将完成， Fourze、Meteor、Wizard、OOO等八名假面骑士史无前例团结在一起，与庞大的怪人军团展开殊死对决……