隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。十三个平民百姓虽然出身不同，但都被乱世所害逼入绝境。经历了无数的腥风血雨，他们怀着家仇国恨，循入空门。但是黑暗势力依然不放过他们，死亡当头，他们为求自保，苦练武功。为了天下太平，这十三个和尚救护明君李世民，灭掉了凶残的王世充，演出了一曲英雄壮歌。

宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧人，在少林寺中遇到一名醉癫和尚，学到一身好功夫。亦在元军侵占少林寺时大显身手把元将军杀掉。

以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先