第一部的5年之后，曾经的地球残疾军人杰克·萨利，如今已经是潘多拉星球纳美族一方部族的族长，并且与爱妻娜塔莉共同育有一对可爱的儿女，日子过得平淡而充实。然而某天，有个部族的兄弟在海岸附近巡逻时遭到利器割喉身亡。通过现场勘查，以及作为前海军陆战队员的敏锐直觉，杰克判断已经有人类的阿凡达混入了部落……

战斗中负伤而下身瘫痪的前海军战士杰克•萨利决定替死去的同胞哥哥来到潘多拉星操纵格蕾丝博士用人类基因与当地纳美部族基因结合创造出的 “阿凡达” 混血生物。杰克的目的是打入纳美部落，外交说服他们自愿离开世代居住的家园，从而SecFor公司可砍伐殆尽该地区的原始森林，开采地下昂贵的“不可得”矿。

影片根据真实事件改编，2009年1月15日，萨利在全美航空1549号班担任机长，飞机起飞两分钟后遭到飞鸟攻击，两架发动机全部熄火，萨利决定在哈德逊河上迫降，155人全数生还。但之后的调查显示他做了错误的抉择，认为大可选择返回拉瓜迪亚机场，机内到底发生了什么呢？