1945年，游学归来的刑侦专家程慈航，在码头遭遇险情，多方势力为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱里，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放在档案馆密室内。由于内奸刘阿常的出卖，档案被盗，案情从此扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局局长霍然随即特聘程慈航为布衣侦探。。。

系列悬疑刑侦剧《谜证》题材大胆新颖视角独特细腻家庭、婚姻、伦理交织其中既有惊悚刺激、一波三折血腥案件又有情感纠葛、动恻心扉情感故事不同以往叙事风格更令人耳目一新。

除夕夜的刘家寨，寡妇张彩霞（袁嘉敏饰）和她婆婆李月梅神秘失踪了。报案后，经警方调查，把村里采石厂厂长刘东民（陈保元饰）、无业游民刘放（巴多饰）、采石厂爆破手刘山炮（桑平饰）列为了嫌疑人，但三人都矢口否